Слово багрена может употребляться в 2-х разных значениях:
I. ба́грена — от слова багреный
В таком варианте ударение следует ставить на слог с первой буквой А — бАгрена.
II. багрена́ — от слова багрить (окрашивать в багровый цвет)
В таком варианте ударение падает на слог с последней буквой А — багренА.