Слово базилика может употребляться в 2-х разных значениях:
I. базили́ка — родительный падеж слова базилик (растение)
В таком варианте ударение падает на слог с последней буквой И — базилИка.
II. бази́лика — античная и средневековая постройка
В указанном выше слове допускается ставить ударение либо на слог с первой буквой И — базИлика, либо на слог с последней буквой И — базилИка.