Слово водами может употребляться в 2-х разных значениях:
I. во́дами — творительный падеж, множественное число слова вод
В слове «водами» ударение падает на слог с буквой О — вОдами.
II. во́дами — творительный падеж, множественное число слова вода
В таком слове допускается ставить ударение либо на слог с буквой О — вОдами, либо на слог с буквой А — водАми.