Слово воды может употребляться в 2-х разных значениях:
I. во́ды — множественное число слова вод
В таком варианте ударение ставят на слог с буквой О — вОды.
II. воды́ — родительный падеж слова вода
В слове «воды» ударение падает на слог с буквой Ы — водЫ.