Слово засек может употребляться в 2-х разных значениях:
I. засе́к — родительный падеж, множественное число слова засека
В слове «засёк» ударение падает на слог с буквой Е — засЕк.
II. засёк — от слова засечь (но прош. м засёк//устар. засек, прич.прош. засекший)
В слове «засёк» ударение падает на слог с буквой Ё — засЁк.