Слово змея может употребляться в 2-х разных значениях:
I. зме́я — родительный падеж слова змей (в т. ч. об игрушке)
В слове «змея» ударение падает на слог с буквой Е — змЕя.
II. змея́ — существительное
В таком варианте ударение падает на слог с буквой Я — змеЯ.