Слово крепостями может употребляться в 2-х разных значениях:
I. кре́постями — творительный падеж, множественное число слова крепость (сущ. к крепкий)
В таком варианте ударение следует ставить на слог с буквой Е — крЕпостями.
II. крепостя́ми — творительный падеж, множественное число слова крепость (укреплённый пункт; документ о праве на владение)
В слове «крепостями» ударение падает на слог с буквой Я — крепостЯми.