Слово кубы может употребляться в 2-х разных значениях:
I. ку́бы — множественное число слова куб (геометрич. тело; третья степень)
В указанном выше варианте ударение должно быть поставлено на слог с буквой У — кУбы.
II. кубы́ — множественное число слова куб (сосуд; предмет кубической формы; кубометр)
В упомянутом выше слове допускается ставить ударение либо на слог с буквой Ы — кубЫ, либо на слог с буквой У — кУбы.