Слово магистерская может употребляться в 2-х разных значениях:
I. маги́стерская — от слова магистерский (от магистр - глава рыцарского ордена)
В данном варианте ударение следует ставить на слог с буквой И — магИстерская.
II. магисте́рская — от слова магистерский (от магистр - лицо, имеющее ученую степень)
В слове «магистерская» ударение падает на слог с буквой Е — магистЕрская.