Слово магистерский может употребляться в 2-х разных значениях:
I. маги́стерский — от магистр - глава рыцарского ордена
В данном варианте ударение следует ставить на слог с первой буквой И — магИстерский.
II. магисте́рский — от магистр - лицо, имеющее ученую степень
В таком варианте ударение падает на слог с буквой Е — магистЕрский.