Слово маркер может употребляться в 2-х разных значениях:
I. ма́ркер — проф.; приспособление
В слове «маркер» ударение падает на слог с буквой А — мАркер.
II. маркёр — ведущий счет в бильярде
В слове «маркер» ударение падает на слог с буквой Ё — маркЁр.