Слово начинены может употребляться в 2-х разных значениях:
I. начинены́ — от слова начинить (наполнить)
В слове «начинены» ударение падает на слог с буквой Ы — начиненЫ.
II. начи́нены — от слова начинить (починить или очинить в некотором количестве)
В слове «начинены» ударение падает на слог с буквой И — начИнены.