Слово начинённую может употребляться в 2-х разных значениях:
I. начинённую — от слова начинить (наполнить)
В упомянутом выше варианте ударение падает на слог с буквой Ё — начинЁнную.
II. начи́ненную — от слова начинить (починить или очинить в некотором количестве)
В слове «начинённую» ударение падает на слог с буквой И — начИненную.