Слово небе может употребляться в 2-х разных значениях:
I. не́бе — предложный падеж слова небо (см. также отдельно небеса)
В слове «небе» ударение падает на слог с первой буквой Е — нЕбе.
II. нёбе — предложный падеж слова нёбо (во рту)
В данном варианте ударение падает на слог с буквой Ё — нЁбе.