Слово неба может употребляться в 2-х разных значениях:
I. не́ба — родительный падеж слова небо (см. также отдельно небеса)
В слове «нёба» ударение падает на слог с буквой Е — нЕба.
II. нёба — родительный падеж слова нёбо (во рту)
В таком варианте ударение следует ставить на слог с буквой Ё — нЁба.