Слово руна может употребляться в 2-х разных значениях:
I. ру́на — существительное
В данном варианте ударение следует ставить на слог с буквой У — рУна.
II. руна́ — родительный падеж слова руно
В таком варианте ударение ставят на слог с буквой А — рунА.