Слово скалы может употребляться в 2-х разных значениях:
I. ска́лы — множественное число слова скал
В слове «скалы» ударение падает на слог с буквой А — скАлы.
II. скалы́ — родительный падеж слова скала
В данном варианте ударение следует ставить на слог с буквой Ы — скалЫ.