Слово строями может употребляться в 2-х разных значениях:
I. стро́ями — творительный падеж, множественное число слова строй (социальный; музыкальный)
В таком варианте ударение падает на слог с буквой О — стрОями.
II. строя́ми — творительный падеж, множественное число слова строй (военный)
В слове «строями» ударение падает на слог с буквой Я — строЯми.