Слово запахами может употребляться в 2-х разных значениях:
I. запа́хами — творительный падеж, множественное число слова запах (от запахнуть)
В слове «запахами» ударение падает на слог со второй буквой А — запАхами.
II. за́пахами — творительный падеж, множественное число слова запах
В слове «запахами» ударение падает на слог с первой буквой А — зАпахами.