Слово запахом может употребляться в 2-х разных значениях:
I. запа́хом — творительный падеж слова запах (от запахнуть)
В слове «запахом» ударение падает на слог с последней буквой А — запАхом.
II. за́пахом — творительный падеж слова запах
В слове «запахом» ударение падает на слог с первой буквой А — зАпахом.