Слово запечен может употребляться в 2-х разных значениях:
I. запе́чен — от слова запечный
В слове «запечён» ударение падает на слог с первой буквой Е — запЕчен.
II. запечён — от слова запечь
В слове «запечён» ударение падает на слог с буквой Ё — запечЁн.