Слово клети может употребляться в 2-х разных значениях:
I. кле́ти — родительный падеж слова клеть
В указанном выше варианте ударение падает на слог с буквой Е — клЕти.
II. клети́ — местный (второй предложный) падеж слова клеть
В упомянутом выше слове допускается ставить ударение либо на слог с буквой И — клетИ, либо на слог с буквой Е — клЕти.