Слово муки может употребляться в 2-х разных значениях:
I. муки́ — родительный падеж слова мука (молотое зерно)
В указанном выше варианте ударение следует ставить на слог с буквой И — мукИ.
II. му́ки — родительный падеж слова мука (страдание)
В данном варианте ударение падает на слог с буквой У — мУки.