Слово пыли может употребляться в 2-х разных значениях:
I. пыли́ — от слова пылить
В слове «пыли» ударение падает на слог с буквой И — пылИ.
II. пы́ли — родительный падеж слова пыль
В упомянутом выше варианте ударение падает на слог с буквой Ы — пЫли.