Слово якоря может употребляться в 2-х разных значениях:
I. я́коря — родительный падеж слова якорь
В слове «якоря» ударение падает на слог с первой буквой Я — Якоря.
II. якоря́ — множественное число слова якорь
В слове «якоря» ударение падает на слог с последней буквой Я — якорЯ.