Слово малышки может употребляться в 2-х разных значениях:
I. малы́шки — родительный падеж слова малышка
В слове «малышки» ударение падает на слог с буквой Ы — малЫшки.
II. малышки́ — множественное число слова малышок
В слове «малышки» ударение падает на слог с буквой И — малышкИ.