Слово моля может употребляться в 2-х разных значениях:
I. моля́ — от слова молить
В слове «моля» ударение падает на слог с буквой Я — молЯ.
II. мо́ля — родительный падеж слова моль (грамм-молекула)
В слове «моля» ударение падает на слог с буквой О — мОля.