Слово протыкать может употребляться в 2-х разных значениях:
I. протыка́ть — глагол
В данном варианте ударение ставят на слог с буквой А — протыкАть.
II. проты́кать — проделать много дыр
В слове «протыкать» ударение падает на слог с буквой Ы — протЫкать.