Слово протяжнее может употребляться в 2-х разных значениях:
I. протяжне́е — от слова протяжной (служащий для протяжки)
В слове «протяжнее» ударение падает на слог с первой буквой Е — протяжнЕе.
II. протя́жнее — от слова протяжный
В данном варианте ударение должно быть поставлено на слог с буквой Я — протЯжнее.