Слово перебегать может употребляться в 2-х разных значениях:
I. перебега́ть — глагол
В слове «перебегать» ударение падает на слог с буквой А — перебегАть.
II. перебе́гать — бегать слишком долго
В слове «перебегать» ударение падает на слог с последней буквой Е — перебЕгать.